La basilica paleocristiana di San Giovanni di Sinis, una delle più antiche dell’Isola, sorge in corrispondenza di una necropoli fenicio-punica dell'antica città di Tharros e diversi reperti attestano il perdurare dell'uso cimiteriale dell'area anche in epoca cristiana. Modesta nelle dimensioni ma di forte impatto visivo sia per il contesto ambientale dominato da Capo San Marco, sia per i caldi toni dorati degli irregolari conci di arenaria del Sinis che si arroventano al calar del sole, la chiesa si caratterizza per il suo insolito sviluppo in orizzontale e per la suggestiva quanto esotica predominanza dei ritmi curvilinei nel prospetto e nei volumi architettonici. L'edificio, databile al VI-VII secolo, si presentava originariamente con pianta a croce greca inscritta e cupolata secondo il gusto bizantino, solo nell’XI secolo, in epoca protoromanica, assunse l’aspetto attuale con pianta longitudinale a tre navate e abside orientata per assecondare il rito latino. La navata centrale comunica con quelle laterali attraverso tre arcate a pieno centro poggianti su tozzi pilastri; queste ultime, in ombra per la mancanza di aperture contribuiscono a creare suggestivi effetti luminosi per le modeste fonti di luce che si aprono sulla navata centrale coperta da volta a botte, nella zona presbiteriale e dall’oculo che si apre in facciata, in asse al portale d’ingresso.